復旦大學創建于1905年，原名復旦公學，是中國人自主創辦的第一所高等院校，創始人為中國近代知名教育家馬相伯。校名“復旦”二字選自《尚書大傳虞夏傳》中“日月光華，旦復旦兮”的名句，意在自強不息，寄托當時中國知識分子自主辦學、教育強國的希望。1917年復旦公學改名為私立復旦大學；1937年抗戰爆發后，學校內遷重慶北碚，并于1941年改為“國立”；1946年遷回上海江灣原址；1952年全國高等學校院系調整后，復旦大學成為文理科綜合大學；1959年與上海第一醫學院（上海醫學院前身）一起成為全國首批重點大學。
上海醫科大學創建于1927年，是中國人自主創辦的第一所高等醫學院校。建院時定名為第四中山大學醫學院。
2000年，復旦大學與上海醫科大學合并，成立新的復旦大學，進一步拓寬了學校的學科結構，形成了文理醫三足鼎立的學科格局，辦學實力進一步增強。作為全國首批“211工程”、“985工程”高校，復旦已經發展成為一所擁有哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、醫學、管理學等十個學科門類的綜合性研究型大學。
目前，學校有普通本專科生1.41萬人，研究生1.48萬人，其中含學歷留學生近3000人。學校有教職工5800人，其中專任教師2700人。學校有中國科學院、中國工程院院士36人，教育部“長江學者獎勵計劃”特聘教授、講座教授106人，“國家重點基礎研究發展計劃（含重大科學研究計劃）”項目首席科學家30人。學校有直屬院（系）28個，設有本科專業70個，一級學科博士學位授權點35個，博士學位授權學科、專業點154個，碩士學位授權學科、專業點229個，并設有29個博士后科研流動站。學校有11個一級學科國家重點學科、19個二級學科國家重點學科。學校有各類科研機構近300個，其中國家重點實驗室5個，省部級以上重點實驗室38個及若干個工程中心，“985工程”科技創新平臺5個，“985工程”哲學社會科學創新基地7個。
學校圖書館有館藏文獻519萬冊，館藏數列國內高校前茅。其中線裝古籍40萬冊（包括善本6萬冊），年訂購中西文紙本期刊7000余種，可使用的電子圖書近200萬種、中西文全文電子期刊近3.5萬余種，各類數據庫近300種。
學校已經形成“一體兩翼”的校園格局：即以邯鄲路校區、江灣新校區為一體，以楓林校區、張江校區為兩翼。占地面積244.32萬平方米，校舍建筑面積149.23萬平方米。此外，學校還擁有中山醫院、華山醫院等11個附屬醫院，醫護員工近1.5萬人。
2005年復旦大學百年華誕。中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤發來賀信，希望復旦大學發揚優良傳統，不斷開拓創新，努力建設成為具有世界一流水平的社會主義綜合性大學，為建設中國特色社會主義偉大事業培養更多德才兼備的高素質人才，為全面建設小康社會、實現中華民族的偉大復興作出新的更大的貢獻。
一百多年來，學校在培養人才、創新科技、傳承文明、服務社會方面為國家作出突出貢獻。復旦師生謹記“博學而篤志，切問而近思”的校訓；嚴守“文明、健康、團結、奮發”的校風；力行“刻苦、嚴謹、求實、創新”的學風，發揚“愛國奉獻、學術獨立、海納百川、追求卓越”的復旦精神，為民族的解放和振興，國家的建設和發展，社會的文明和進步作出重要貢獻。
