根據2012年底統計數據，上海現有經認定備案的基督教教職人員287人，信徒22.36萬人，開放的基督教堂點169處。上海現有基督教團體：上海市基督教三自愛國運動委員會、上海市基督教教務委員會（簡稱上海市基督教兩會）。
中國基督教三自愛國運動委員會、中國基督教協會（簡稱基督教全國兩會）總部設在上海。
18世紀后期，歐美基督教各宗派先后成立傳教組織——差會，向海外傳教。清嘉慶二十年（1807年），第一個來華的傳教士馬禮遜為英國倫敦會所差派。清道光十一年（1831年），第一個來上海的傳教士為郭士立，他乘坐鴉片走私船三次登陸上海，窺察上海的港口、城池等情況。當時的清政府對包括傳教士在內的外國人的進入，采取閉關鎖國政策。
鴉片戰爭后，清政府與英國簽訂《南京條約》，上海成為所指定“開放”的5個通商口岸之一，傳教大門遂被打開。清道光二十三年（1843年）英國倫敦會麥都思、雒魏林、慕維廉等人最早來到上海，他們藉助不平等條約建立教堂、開辦醫館、印刷所等，并建造住宅。他們也是基督教在上海第一個教案—青浦教案的肇事者。其后，英國圣公會、美國圣公會、美國長老會、美國浸禮會、美國監理會等基督教各宗派先后來滬建堂傳教。鴉片戰爭結束不久，英、美基督教的主要派別便在上海建立了傳教的立足點。
19世紀后期至20世紀初，基督教原先沒有成立差會的較小的宗派也派遣傳教士來上海，內地會、基督會、宣道會、公誼會、基督復臨安息日會等，以及基督教青年會、基督教女青年會等社會服務團體和慈善救濟團體也進入上海。
第二次鴉片戰爭后，基督教在華傳教勢力得到發展，影響日益擴大。在華傳教士分別于清光緒三年（1877年）、光緒十六年和光緒三十年在上海舉行了3次由各宗派代表參加的在華傳教士全國性大會，傳教差會已把上海作為對華傳教事業的基地。這一時期英美基督教差會開辦的學校、醫院、文字出版機構等，在客觀上對中西文化交流起了一定的作用。
近代以來，上海的工業及商業迅速發展，經過一百多年歷史，上海已成為國際大都市，而基督教的發展與上海的發展是同步的。隨著基督教傳入上海，上海的文化受到了西方文化的巨大影響。近代上海集中了一大批受過西方教育的知識分子，他們或在英、美等國留過學，或由西方傳教士在上海所辦的教會學校中受過系統教育，這給基督教在上海的傳播起了推動作用，由此也造就了一批基督教界的領袖人物。正由于上海工商業的高度發展，文化和教育也相對發達，又有相當多的知識分子和西方傳教士，因此，各種差會、教派均在上海設立了總部機構，使上海成為中國基督教的中心。
在中國人民的反帝反封建運動影響下，光緒二十九年（1903年）初，夏粹芳、宋耀如等13人發起成立中國基督徒會，創辦《中國基督徒報》。光緒三十二年，上海閘北堂牧師俞國楨宣布脫離美國北長老會的管轄，成立了由中國人自辦的耶穌教自立會全國總會。全國不少地方的基督徒紛紛響應，形成了中國基督教自立運動。
在此形勢下，在20世紀20年代中，幾乎所有主流派的全國組織都冠以“中華”的名稱，并推定中國教牧人員為第一負責人，以圖改變“洋教”的面貌。民國11年（1922年），西方傳教士進一步提出教會本色化的主張，中國基督教人士為此作出了種種有益的探索。并在同年5月上海舉行的第二次基督教全國大會上正式提出本色化教會的口號。自立運動和本色化運動對提高中國基督教的民族意識起了推動作用。
民國37年（1948年），吳耀宗在《天風》周刊上發表了《基督教的時代悲劇》等文章，提出基督教已經是帝國主義思想、文化侵略的工具，成了社會變革的阻力，中國教會應該從差會的控制下擺脫出來，成為獨立自主的中國教會。
新中國成立后，在周恩來總理關懷啟發下，吳耀宗聯合基督教內一批領袖，于1950年在上海發起了中國基督教三自革新運動。同年9月23日《人民日報》發表了由吳耀宗等人起草的題為《中國基督教在新中國建設中努力的途徑》的三自革新宣言。這個宣言指出中國基督教必須實行自治、自養、自傳，認識帝國主義利用基督教的事實，肅清基督教內部的帝國主義影響，實現自力更生的目標，為建設新中國而努力。三自革新運動得到了全國基督徒的熱烈響應。1954年7月22日至８月６日在北京舉行中國基督教全國會議，正式成立了以吳耀宗為主席的中國基督教三自愛國運動委員會，領導全國基督教信徒開展三自愛國運動。
1955年4月25日至29日，上海市基督教舉行了第一屆代表會議，會上成立了上海市基督教三自愛國運動委員會，陳見真當選為第一屆三自主席。
1958年，在大躍進的形勢下，教堂聚會的人數減少、奉獻收入下降，不少傳道人無事可做，從當時實際情況出發，全市教堂、聚會點由208所合并為２3所，實行聯合禮拜，大部分教職人員轉業退休，只留下74位教職人員繼續參與教會工作。聯合禮拜對不同的信仰觀點和禮儀實行互相尊重，改變了宗派林立的局面。
1966年至1978年 “文化大革命”期間，黨的宗教信仰自由政策遭到嚴重破壞，所有教堂關閉，宗教活動停止。
1978年中共十一屆三中全會后，全面落實了宗教信仰自由政策，受迫害的宗教界教職人員得到平反，恢復了名譽。1979年9月全市率先恢復了沐恩堂、清心堂、滬北會堂的宗教活動。1981年在上海市基督教第四屆代表會議上成立了上海市基督教教務委員會。該會與市基督教三自愛國運動委員會合稱為市基督教兩會。此后數年中，全市的教堂陸續修復開放，市區各區先后召開了基督教代表會議，相繼成立了區基督教三自愛國運動委員會和區堂務委員會（簡稱區基督教兩會）。上世紀80年代初起，上海市基督教兩會編印出版了各類宗教書籍，出售《圣經》、《新編贊美詩》等，還經常對教職人員進行三自愛國教育。自1985年4省1市在上海開辦華東神學院以來，至今已為華東地區培養出數百名神學畢業生。
上海市基督教兩會已開設了在滬外國人英語、韓語專場禮拜，為來上海工作生活的外籍人士提供宗教服務。
1978年以后，中國教會恢復了與世界各國教會組織的友好交往，加強與各國教會的聯系，基督教界與國外的交往逐漸增多。通過教會組團出訪，向海外介紹中國基督教的現狀，宣傳宗教信仰自由政策，并了解基督教在世界各地的發展狀況。來訪的及上海教職人員出訪的國家有美國、英國、德國、意大利、瑞典、挪威、芬蘭、捷克斯洛伐克、澳大利亞、日本、菲律賓、南非、肯尼亞等，以及香港、澳門、臺灣等地區。
上海基督教界熱心服務社會公益事業和賑災助學等慈善活動。2008年汶川大地震后，市基督教兩會組織發動全市信徒募集愛心捐款共計600余萬元。
